Une nouvelle technique pour évaluer l’état des cours d’eau

Les algues diatomées sont utilisées comme bioindicateurs de la qualité des cours d'eau

Une équipe de l’institut national de la recherche agronomique (Inra) a mis au point une méthode innovante d’analyse de la qualité de l’eau des rivières par séquençage d’ADN d’algues diatomées.

«Le métabarcoding est une technique de taxonomie moléculaire permettant notamment de comparer massivement l’ADN d’algues prélevées dans les cours d’eau avec l’ADN stocké dans notre base de données», explique Frédéric Rimet, ingénieur au centre alpin de recherche sur les réseaux trophiques et les écosystèmes limniques de l’Inra. Ces algues brunes microscopiques (entre 5 et 500 ?m) sont en effet d’excellents bio-indicateurs de la qualité des cours d’eau.

Testée depuis 2009 par l’Inra, la méthode a fait ses preuves et convaincu les scientifiques. «A la demande de l’Onema[1], nous avons prélevé des échantillons à Mayotte puis comparé les résultats obtenus par métabarcoding avec ceux d’une analyse classique microscopique. Résultat: nous avons trouvé une bonne corrélation entre les deux», observe le chercheur. Cette nouvelle technique a un atout majeur: elle permet de gagner un temps fou par rapport aux analyses microscopiques.

Si l’opération fonctionne à Mayotte, il y a de fortes chances que ce soit aussi le cas en métropole. Une campagne de mesures vient donc d’être lancée pour tester la qualité de 6 cours d’eau: Adour, Ardèche, Doubs, Loire, Meurthe et Vienne. 150 échantillons seront ensuite analysés à la fin de l’année, pour des conclusions attendues au premier semestre 2017.

En parallèle, des prélèvements vont être réalisés dans des cours d’eau de bonne qualité, dans les Alpes, les Pyrénées, les Vosges et le Massif central, afin d’enrichir la base de données des séquences ADN des diatomées.

Une nécessaire certification

Prometteuse, cette méthode d’évaluation doit encore être certifiée au niveau européen avant de connaître, peut-être, une large utilisation. «Nous avons entamé des démarches de standardisation auprès du comité européen de normalisation. La première étape a été franchie puisque notre protocole a été validé en début de semaine», annonce Frédéric Rimet.