Agriculture: les pathogènes fongiques voués à s’étendre

Le 12 mai 2020 par Romain Loury
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Maïs touché par un champignon Fusarium
Maïs touché par un champignon Fusarium
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Le réchauffement climatique devrait accroître l’abondance de champignons pathogènes dans les sols, menaçant un peu plus l’agriculture, et donc la sécurité alimentaire, révèle une étude publiée lundi 11 mai dans Nature Climate Change.

Après les atlas mondiaux d’animaux et de plantes, ceux de bactéries et de champignons, mais aussi de maladies végétales, font peu à peu leur apparition. D’un intérêt notamment agricole, ils permettent de définir les risques encourus par les cultures. Dans leur étude, Manuel Delgado-Baquerizo, de l’université Pablo de Olavide (Séville), et ses collègues vont un pas plus loin, en prévoyant la répartition mondiale des pathogènes fongiques avec le réchauffement en cours.

Des maladies fongiques déjà bien présentes. Parmi les Alternaria, on trouve l’agent de la maladie des taches foliaires, Alternaria alternata, qui touche de nombreuses espèces végétales. Quant aux Fusarium, ils sont responsables de la fusariose, et plusieurs espèces produisent des mycotoxines très nocives pour l’homme, fréquemment responsables de cancers du foie en Afrique. Les Phoma peuvent engendrer un pourrissement, les espèces les plus connues frappant la betterave et la patate douce. Quant au genre Venturia, il compte Venturia inaequalis, responsable de la tavelure du pommier.

Pour cela, les chercheurs ont étudié 235 écosystèmes naturels dispersés à travers six continents, analysant par PCR (Polymerase Chain Reaction) la présence de champignons pathogènes dans les sols. Bien connus des agronomes, quelques genres dominent, parmi lesquels Alternaria, Fusarium, Phoma et Venturia.

La température, un facteur majeur

Principal enseignement de l’étude, l’abondance de ces pathogènes est étroitement liée à la température. Ils sont présents en grande quantité dans les sols des forêts tropicales, beaucoup moins dans ceux des forêts boréales. Le réchauffement pourrait donc constituer un risque encore plus important pour les pays peu développés, où ces champignons présents en milieu naturel, du fait de leur rapide dispersion, pourraient aisément gagner les cultures.

Selon une analyse de divers scénarios climatiques, les régions les plus affectées seraient les régions tempérées de l’hémisphère nord, ainsi que le sud de l’Afrique. La situation pourrait être aggravée par les changements d’usage des sols, en particulier pour Fusarium, dont l’abondance augmente aussi quand la couverture végétale diminue.

Les pathogènes pullulent dès +2°C

Les chercheurs ont par ailleurs mené une expérience de neuf ans dans le centre de l’Espagne, évaluant l’effet d’un réchauffement de +2°C sur la présence de pathogènes dans le sol. Leurs résultats montrent une explosion des champignons pathogènes: en abondance relative (c’est-à-dire en proportion de l’ensemble des champignons présents dans le sol), les Alternaria deviennent 7 fois plus présents, les Fusarium 5 fois et les Cladosporium 20 fois!

«La proportion de pathogènes potentiels va probablement s’accroître dans la plupart des régions du monde, quels que soient le scénarios climatiques et de changement d’usage des sols (…). Nos résultats peuvent être utilisés pour prévoir la manière dont les changements en cours vont affecter la répartition de ces pathogènes, et leur impact sur la production alimentaire», concluent les chercheurs.