Les eaux usées, indicateur potentiel de l'étendue de l'épidémie

Le 07 avril 2020 par Stéphanie Senet
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La station d'épuration, avant-poste sanitaire ?
La station d'épuration, avant-poste sanitaire ?

Une douzaine de groupes de recherche à travers le monde étudient un moyen d’évaluer rapidement le nombre de contaminations au SARS-CoV-2 en analysant les eaux usées, annonce la revue Nature. Un test précieux pour suivre l’évolution de la pandémie après le déconfinement.

Les eaux usées, un indicateur fiable de la propagation du virus? L’hypothèse est prise très au sérieux en France, aux Pays-Bas, en Suède et aux Etats-Unis notamment. En réalité, suivre une maladie dans les eaux usées n’est pas nouveau. «C’est en les contrôlant, par exemple, que l’on sait si un pays a réussi à éradiquer le poliovirus, responsable de la poliomyélite», explique au JDLE Christophe Gantzer, directeur adjoint du Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les matériaux et l’Environnement (LCPME). Mais toutes les maladies ne mènent pas à la station d’épuration: les eaux usées ne véhiculent que les virus infectant l’intestin. «On y retrouve les virus de gastro-entérites mais pas le virus de la grippe qui se transmet par voie aérienne», résume le virologue.

L’inconnue des eaux usées

Environ 10% des personnes infectées par le coronavirus affichent des symptômes de diarrhée, selon l’analyse des contaminations en Chine. Le virus a aussi été retrouvé dans les selles de patients infectés, trois jours après leur contamination. «Mais on ne sait pas encore s’il reste viable longtemps, d’où l’intérêt d’évaluer à la fois sa quantité et sa survie dans les eaux usées», analyse Christophe Gantzer. Son laboratoire a déposé le 6 avril un projet de recherche en collaboration avec l’université de Lorraine, le CNRS et un industriel de l’eau pour analyser des eaux usées et des boues d’épuration dans des villes de forte contamination, comme Nancy, et des zones moins contaminées.

Un atout majeur

Les eaux usées présentent deux atouts majeurs. «Une seule station d’épuration peut capter les eaux usées produites par un million de personnes», rapelle Gertjan Medema, microbiologiste à l’institut de recherche sur l’eau de Nieuwegein, aux Pays-Bas. Selon lui, leur surveillance –avant traitement- pourrait fournir un meilleur indicateur de l’étendue de la pandémie que les tests individuels car elle prend en compte la totalité des cas, y compris les asymptomatiques. Le chercheur, qui a déjà détecté le matériel génétique du SARS-CoV-2 dans plusieurs usines de traitement néerlandaises, estiment que les autorités sanitaires ne voient encore que la partie émergée de l’iceberg.

Premiers résultats aux Pays-Bas

Le virus a aussi été repéré dans les eaux usées de l’aéroport d’Amsterdam (Schiphol) seulement quatre jours après la première détection d’un cas, par test clinique, aux Pays-Bas. Il a été identifié par le groupe de recherche piloté par Ana Maria de Roda Husman, de l’institut national pour la santé publique et l’environnement de Bilthoven. Ces chercheurs analysent actuellement les eaux usées des capitales des 12 provinces néerlandaises ainsi que de 12 sites où aucun cas n’a encore été déclaré.

Nouveau test

Pour évaluer au mieux l’étendue d’une contamination, les scientifiques doivent encore préciser la quantité de matériel génétique du SARS-CoV-2 excrétée dans les matières fécales. «Il faut aussi mettre au point un test capable de le détecter dans de faibles quantités et s’assurer que les échantillons d’eaux usées prélevés soient représentatifs d’une population donnée», complète le centre de recherches en sciences environnementales du Queensland, en Australie. Autre contrainte: ces recherches ne devront pas utiliser de tests individuels, pour les réserver aux systèmes de soins. «Nous ne voulons pas pénaliser l’hôpital», précise Christophe Gantzer. «Pour l’instant, nous avons de quoi démarrer les tests mais la question de leur disponibilité, ainsi que des équipements de protection individuelle, se posera à plus grande échelle», précise-t-il. Toute la complexité résidera dans la détection d’une faible concentration de virus dans un grand volume de prélèvements. C’est pourquoi les scientifiques français recourent à des méthodes de concentration.

Quelques jours d’avance

Alors que chacun redoute un retour de l’épidémie une fois les mesures de confinement levées, les eaux usées pourraient offrir une surveillance épidémiologique à grande échelle, avec quelques jours d’avance sur le déclenchement de symptômes dans la population. A condition qu’un test soit disponible en très grandes quantités.