L’antibiorésistance au cœur de la flore intestinale

Le 20 novembre 2013 par Romain Loury
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Les bactéries de la flore intestinale infestées de gènes de résistance aux antiobiotiques
Les bactéries de la flore intestinale infestées de gènes de résistance aux antiobiotiques

Les bactéries de notre flore intestinale sont déjà infestées par des gènes de résistance aux antibiotiques, qu’elles risquent fort de transmettre à d’autres bactéries, pathogènes celles-ci, selon une étude américaine publiée dans la revue PLoS ONE.

Près de 2.500 gènes de résistance aux antibiotiques: la pêche génétique menée sur les selles de 22 enfants et adolescents, âgés de 1 mois à 19 ans, aura été fructueuse. Voire très surprenante: l’équipe de Gautam Dantas, de la Washington University School of Medicine, ne s’attendait pas à tomber sur un tel réservoir d’antibiorésistance chez d’aussi jeunes personnes.

Car ces gènes, qui confèrent une résistance à 14 des 18 des antibiotiques analysés, étaient retrouvés dans des bactéries Escherichia coli dites «commensales», c’est-à-dire vivant en bonne intelligence avec l’intestin qu’elles colonisent. Or nombre de ces gènes étaient situés à proximité de séquences très mobiles du génome d’E. coli, au risque d’être transposés à d’autres bactéries, telles que des pathogènes alimentaires.

L’ensemble de ces gènes de résistance, que les chercheurs appellent «résistome», semblaient déjà présents chez de très jeunes enfants: sans que l’on sache très bien comment, ils se fixeraient dans l’intestin à l’âge d’environ 6 mois. Bien plus tôt que le microbiome, à savoir l’ensemble des bactéries constituant la flore intestinale, qui se stabilise vers 3 ans.

 

Des résistances à des antibiotiques pourtant rares

Difficile de savoir si ces gènes portés par des bactéries commensales y demeurent, ou s’ils vont de temps en temps rendre visite à d’autres bactéries de passage dans l’intestin, pathogènes ou non. Les chercheurs se montrent d’ores et déjà inquiets de cette découverte, celle d’une «diversité génétique plus grande qu’on ne l’attendait».

Autre crainte, le fait que certains gènes conféraient une résistance à des antibiotiques pourtant rarement utilisés, comme le chloramphénicol: selon les auteurs, ceux-ci ne seront peut-être d’aucun recours si, dans un avenir pas si lointain, d’autres antibiotiques plus courants venaient à perdre leur efficacité.



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