Fruits et légumes: la flore bactérienne se dévoile

Le 03 avril 2013 par Romain Loury
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Le voile est levé sur la flore bactérienne
Le voile est levé sur la flore bactérienne

Les fruits et légumes présentent une grande variété de flore bactérienne, non seulement d’une espèce à l’autre, mais aussi selon qu’ils sont cultivés de manière bio ou conventionnelle, révèle une étude américaine publiée dans la revue PLoS ONE.

C’est à un monde encore très peu connu auquel Jonathan Leff et Noah Fierer, de l’University of Colorado (Boulder), ont consacré leur étude: celui de la communauté bactérienne présente à la surface des fruits et légumes. Non-pathogènes dans leur immense majorité, ces organismes pourraient avoir des effets, qui restent à déterminer, sur la durée de conservation du produit, mais aussi sur la santé du consommateur.

Afin de mieux connaître cette flore, les deux chercheurs se sont livrés au séquençage du gène 16S, qui permet de déterminer chaque espèce bactérienne, et ce sur 11 types de fruits et légumes achetés dans des épiceries de Boulder. Résultat: la plus grande diversité bactérienne était retrouvée à la surface des pêches, des graines germées de luzerne, des pommes, des poivrons et des champignons. A l’inverse, les fraises et les haricots mungo (improprement appelés «germes de soja») abritaient une communauté plus homogène.

Tous fruits et légumes confondus, la famille des Enterobacteriaceae est la plus fréquente (30%), suivie de celles des Bacillaceae (4,6%) et des Oxalobacteriaceae (4%). En général très variable, la flore bactérienne semble toutefois similaire entre produits provenant du même milieu, par exemple l’arbre fruitier (pommes, pêches) ou la proximité du sol (épinards, laitues, tomates, poivrons).

Mais le milieu d’origine ne semble que l’un des multiples facteurs à l’origine de ces équilibres bactériens: tout aussi déterminants, la plante elle-même (dont la chimie intrinsèque peut favoriser, ou non, l’une ou l’autre des espèces bactériennes), le lieu de l’exploitation, le mode de transport et de stockage, etc.

Possibilité encore plus intrigante, celle d’un impact du mode de culture: les fruits et légumes provenant de l’agriculture conventionnelle comportaient ainsi plus d’Enterobacteriaceae que ceux issus de la bio. Prises dans leur ensemble, les communautés bactériennes présentaient parfois une plus grande diversité dans les produits bio (épinards, laitues, tomates), d’autres fois non: les pêches et les raisins cultivés de manière bio faisaient montre d’une plus grande homogénéité.

S’il est difficile d’interpréter des résultats aussi bruts, ils pourraient ouvrir la voie à un nouveau champ de recherche sur la sécurité des aliments. Par leur composition, ces communautés bactériennes pourraient non seulement conditionner la présence -ou l’absence- d’un pathogène à la surface du fruit, mais aussi influencer la flore intestinale. Or celle-ci joue un rôle majeur dans l’apparition de maladies, dont l’obésité et le diabète.



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