Dans le métro, une inquiétante flore microbienne

Le 09 février 2015 par Romain Loury
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Le métro, nid à bactéries
Le métro, nid à bactéries
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Bactéries à l’origine d’infections alimentaires, respiratoires ou urinaires, souvent antibiorésistantes, et même bacilles de la peste et l’anthrax… telles sont les étonnantes découvertes qu’a fait une équipe américaine dans le métro new-yorkais, lors d’une étude publiée dans la revue Cell Systems.

Dénommée PathoMap Project, cette étude est la première à analyser en détail la présence bactérienne sur l’ensemble d’un réseau métropolitain. D’autres travaux sont en cours ailleurs dans le monde avec le projet MetaSub, qui portera sur 15 villes, dont Paris, Londres, Moscou, Pékin et Tokyo. L’objectif est de mieux comprendre la circulation des bactéries dans l’environnement urbain, et d’en mesurer les conséquences sanitaires.

Première étape de cette étude, Ibrahim Afshinnekoo, du Weill Cornel Medical College de New York, et ses collègues ont réalisé, à l’aide de cotons-tiges, 1.457 prélèvements sur l’ensemble des 24 lignes du métro new yorkais, sur le réseau ferroviaire de Staten Island et dans quatre parcs publics, notamment sur des bancs, des tourniquets et des distributeurs de tickets.

Premier constat: 48% des séquences d’ADN retrouvées n’ont aucun équivalent connu dans les bases de données génétiques, signe de nos faibles connaissances en matière de microbiologie. Quant à celles identifiées, il s’agit avant tout de bactéries [1]. Si la plupart (57%) sont inoffensives, dont l’Acinetobacter, que l’on retrouve sur la peau, et des bactéries présentes sur les aliments, d’autres sont un peu plus problématiques.

Anthrax et peste cohabitent avec l’homme

Outre des bactéries fécales, associées à des maladies respiratoires ou urinaires, les chercheurs en ont identifié plusieurs responsables de maladies graves, dont des streptocoques dorés, mais aussi les bacilles de l’anthrax (ou maladie du charbon, Bacillus anthracis) et de la peste (Yersinia pestis).

Pour ces deux derniers, les chercheurs estiment qu’ils font tout simplement partie de l’environnement urbain, à un trop faible niveau pour entraîner des maladies. Depuis la dernière épidémie à Los Angeles en 1925, la peste subsiste certes à bas bruit aux Etats-Unis, mais avec seulement quelques cas par an se restreignant à l’Ouest rural, selon des données des centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC).

Autre découverte, la composition bactérienne varie fortement d’une station à l’autre, les plus fréquentées présentant la plus grande diversité de germes. Les chercheurs ont même noté une évolution au cours de la journée, en fonction de l’affluence.

Pour les chercheurs, l’intérêt d’un tel catalogue bactérien est avant tout sanitaire, par exemple pour la surveillance des maladies ou en prévention des menaces bioterroristes, que l’on pourrait suspecter en cas de variation par rapport à un profil microbien de base.

Plus inquiétant, ces données pourraient permettre, à long terme, de retracer le trajet d’une personne, par exemple en analysant l’ADN prélevé sur ses semelles. «Ces applications de données génétiques publiques pourraient engendrer des situations ambigües d’un point de vue éthique, dans lesquelles le métagénome d’une personne [la flore microbienne qu’elle porte] contiendrait des indices sur son histoire, ce qui pourrait constituer une atteinte à sa vie privée», expliquent les chercheurs.

[1] Les chercheurs ont également retrouvé de l’ADN d’origine animale, évidemment humain, mais aussi d’insectes, ainsi que de poulet et de bœuf –provenant probablement de sandwichs.



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