Amphibiens: la plus grande crise de biodiversité liée à un pathogène

Le 29 mars 2019 par Romain Loury
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Au Panama, une victime de D. dendrobatidis
Au Panama, une victime de D. dendrobatidis
Jamie Voyles

La chytridiomycose a entraîné le déclin de 501 espèces d’amphibiens à travers le monde, causant l’extinction de 90 d’entre elles, révèle une étude publiée vendredi 29 mars dans la revue Science. Ce qui fait d’elle la maladie la plus dévastatrice jamais observée dans le monde animal.

Décrit pour la première fois en 1998, le champignon Batrachochytrium dendrobatidis est apparu en Asie, probablement dans la péninsule coréenne, avant de se répandre à l’ensemble du globe dans la seconde moitié du 20ème siècle. Il est une cause majeure du déclin mondial des amphibiens, en premier lieu les grenouilles et les crapauds, mais peut aussi tuer les salamandres, les tritons et les cécilies.

Or le bilan de la chytridiomycose, que l’on savait déjà très lourd, l’est encore plus qu’on le pensait, selon une étude menée par Ben Scheele, de l’Australian National University de Canberra, et ses collègues qui ont analysé la Liste rouge de l’UICN[i] et la littérature scientifique, et ont consulté de nombreux experts.

Au même niveau que les rats et les chats

Dans un nouvel état des lieux, le plus large jamais mené à ce sujet, les chercheurs estiment que la chytridiomycose a entraîné le déclin de 501 espèces, soit 6,5% de toutes les espèces connues d’amphibiens. Parmi elles, 90 sont désormais avérées ou présumées éteintes à l’état naturel, et 124 ont connu un déclin de leurs effectifs supérieur à 90%.

Selon les chercheurs, il s’agit de «la plus grande perte de biodiversité jamais attribuée à un pathogène, ce qui place B. dendrobatidis au niveau des espèces invasives les plus destructrices, comparable aux rongeurs (qui menacent 420 espèces) et aux chats (430 espèces menacées)».

Pour comparaison, le syndrome du nez blanc (lié au champignon Pseudogymnoascus destructans) n’a entraîné le déclin que de six espèces de chauves-souris, le virus West Nile que de 23 espèces d’oiseaux.

B. dendrobatidis principal coupable

Sans surprise, 93% des espèces affectées sont des anoures (grenouilles, crapauds), groupe le plus abondant (89% des amphibiens). Cousin de B. dendrobatidis décrit pour la première fois en 2013, Batrachochytrium salamandrivorans est lié à un seul déclin d’espèces, en l’occurrence celui de la salamandre tachetée (Salamandra salamandra).

C’est en Australie, en Amérique centrale et en Amérique du Sud que les dégâts causés par B. dendrobatidis sont les plus marqués: au Brésil, 50 espèces ont ainsi décliné, dont 12 jusqu’à l’extinction.

Les espèces les plus touchées sont celles vivant en milieu humide, résidant constamment dans l’eau (où le champignon peut persister longtemps à l’état libre), ainsi que les plus volumineuses. De maturité sexuelle plus tardive, ces dernières survivent ainsi plus rarement jusqu’à l’âge de la reproduction, et les populations ont donc moins de chances de se renouveler face à l’attaque du pathogène.

Certaines espèces ont récupéré

Seule note d’optimisme, 60 espèces ont vu leurs effectifs repartir à la hausse –mais sans retrouver leurs niveaux historiques. Plusieurs études (ici et ) ont en effet montré que certaines espèces, du moins les populations ayant résisté au pathogène, avaient développé une résistance à la maladie. Une coévolution qui expliquerait pourquoi les amphibiens asiatiques, exposés depuis plus longtemps au champignon, semblent en avoir peu souffert ces dernières décennies.



[i] Union internationale pour la conservation de la nature

 



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